優秀網站導航的目標之一就是通過內部鏈接使所有頁面和主頁有機鏈接，鏈接越近（即點擊距離）越好。對于網站的一般權重，保持內頁和主頁之間的距離不超過四到五次點擊。為了保證這一點的實現，我們通常應該使網站在鏈接結構上盡可能的扁平化。

網站導航系統設計應盡量使用最常用的HTML文本，不要使用圖片、flash作為導航鏈接，不要使用JavaScript生成導航系統。由于搜索引擎不能很好地識別這些內容，以這些方式構建導航系統往往會造成搜索引擎采集的困難，從而影響排名和權重。其實CSS語言也可以設計出漂亮的導航效果，比如各種文字顏色，以及下拉菜單等等。

網站導航系統的設置對于降低鏈接的層次非常重要。主導航中的頁面只會低于主頁的級別，所以主導航中的頁面越多，網站就越平坦。但是，用戶體驗和頁面的實際情況不允許在主導航中有太多的鏈接。因此，在設計時，站長要分清重與重，并做出適當的選擇。

導航系統中的鏈接通常是分類頁面內部鏈接的最重要來源，而且數量最多。因此，添加錨文本將對目標頁面的相關性和權重導入產生巨大影響。因此，類別名稱應該盡可能多地包含鏈接頁面的關鍵字，也就是說，錨文本鏈接應該盡可能多地使用。當然，站長也不能刻意疊加關鍵詞，在保證用戶體驗的情況下，盡量保持在2-4個字。

面包屑導航是判斷網頁在整個網站結構中位置的最直觀的方式，對于用戶體驗和搜索引擎來說都是如此。正確使用面包屑導航的網站通常是結構良好、層次分明的網站。對于網站設計來說，面包屑導航應該是網站導航結構的必要組成部分。面包屑導航對于大中型網站和小型網站都同樣重要。

隨著SEO知識的普及和站長優化水平的提高，出現了在頁腳處堆積關鍵詞錨文本的趨勢。這種頁腳的導航結構在初始階段可以很好地工作。然而，隨著搜索引擎技術的進步和越來越多的站長濫用這一技術，對搜索引擎的反感已經成為網站受到搜索引擎懲罰的原因之一。因此，站長應盡量避免使用這種方法，保持頁腳的導航設計自然。