網站的物理結構是指網站目錄的結構和所包含文件的真實位置。物理結構一般包括兩種不同的形式：扁平物理結構和樹狀物理結構。

對于一個小型網站，所有頁面都存儲在網站的根目錄中，這是一個平面的物理結構。具有扁平物理結構的網站。

這種扁平的物理結構非常適合搜索引擎，因為所有頁面都可以在一次訪問中遍歷。但是，如果有太多的web頁面和太多的web文件放在根目錄中，那么查找和維護它們是相當麻煩的。因此，扁平的物理結構一般適用于只有幾頁的小型和微型站點。

對于大型網站，通常需要兩到三級或更多的子目錄才能保證網頁的正常存儲。這個多級目錄也稱為樹物理結構：即根目錄被細分為多個通道或目錄，然后屬于這個目錄的終內容頁存儲在每個目錄下。

使用樹型物理結構的優點是易于維護，但是對于搜索引擎來說，要掌握它相對比較困難。目前，互聯網上的網站內容普遍豐富，大多采用樹型物理結構。

與網站的物理結構不同，網站的邏輯結構也成為鏈接結構，主要是指網頁內部鏈接形成的邏輯結構，即鏈接結構。邏輯結構和物理結構的區別在于，邏輯結構是由網頁的互連決定的，而物理結構是由網頁的物理存儲地址決定的。

在網站的邏輯結構中，“鏈接深度”通常用來描述頁面之間的邏輯關系“鏈接深度”是指從源頁面到目標頁面的路徑數。例如，如果網站的a頁中有指向目標頁B的鏈接，則從a頁到B頁的鏈接深度為1。

-扁平邏輯結構：一個扁平邏輯結構的網站，實際上網站中的任何兩個頁面都可以相互連接，也就是說，網站中的任何一個頁面都包含指向所有其他頁面的鏈接，頁面之間的鏈接深度為1。目前，單純采用扁平邏輯結構作為全站儀結構的網站很少。